——海峡两岸分别授权的民间团体签订的1949年以来第一个书面协议。1990年9月12日，为了合作打击两岸间的违法犯罪活动，中国红十字会总会代表韩长林与台湾红十字组织代表陈长文等，就解决违反有关规定进入对方地区的居民和刑事嫌疑犯或刑事犯的遣返问题在金门举行商谈，经充分交换意见后签订了协议书。这一协议，后来被称为“金门协议”。目前，依照“金门协议”的规定，本着“人道、安全、便利”的原则，祖国大陆红十字会与台湾红十字组织一直保持着联系，实施海峡两岸私渡人员和刑事嫌疑犯或刑事犯的海上双向遣返作业。《金门协议》如下：一、遣返原则：应确保遣返作业符合人道精神与安全便利的原则。二、遣返对象：（一）、违反有关规定进入对方地区的居民(但因捕鱼作业遭遇紧急避风等不可抗力因素必须暂人对方地区者，不在此列)。（二）、刑事嫌疑犯或刑事犯。三、遣返交接地点：双方商定为马尾-马祖（马祖-马尾）。但依被遣返人员的原居地分布情况及气候、海象等因素，双方得协议另择厦门-金门(金门-厦门)。四、遣返程序：（一）一方应将被遣返人员的有关资料通知对方，对方应于二十日内核查答复，并按商定时间、地点遣返交接。如核查对象有疑问者，亦应通知对方以便复查。（二）遣返交接双方均用红十字专用船，并用民用船只在约定地点引导。遣返船、引导船均悬挂白底红十字旗(不挂其它旗帜．不使用其他的标志)。（三）遣返交接时，应由双方事先约皮的代表二方签署交接见证书。五、其他：双方应尽速解决有关技术问题，以期在短期间内付诸实施。如有未尽事宜，双方得另行商定。在《金门协议》将满20周年之际，台湾马英九将大动作纪念。台湾方面已规划相关的活动，除马英九邀当年协议签署人、律师陈长文对话，并录制“治国周记”外，台湾“红十字会”更将出版专书，见证两岸破冰互动的往事。据称，马英九多次引述《金门协议》，应该有意强化两岸“求同存异、共创双赢”。《金门协议》开启了两岸谈判契机，随后双方各自成立海协会、海基会，因此之后才有1993年辜汪会谈，颇具时代意义。从2008年两岸两会复谈至今，双方已签署十四项协议，马英九近期多次在公开场合谈及《金门协议》，引发诸多想象空间。据台湾当局官员分析，马英九多次引述《金门协议》，应该有意强化两岸“求同存异、共创双赢”。台湾当局官员认为，两岸现在应多谈“同”的部份，少谈“异”的部份，更确定“搁置争议”的概念，才能维持良性互动。目前，依照“金门协议”的规定，本着“人道、安全、便利”的原则，祖国大陆红十字会与台湾红十字组织一直保持着联系，实施海峡两岸私渡人员和刑事嫌疑犯或刑事犯的海上双向遣返作业。